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小行星撞击地球,主要大地受到名为「忍」(シノビ)的毒害,形成异形攻击人类,人们只能逃向以前是海底的「海陆」;拯救的方法唯有复活「机神将」(机神将(ギガロード))。约五百年后,亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」(ヤギュウ)之血的少年周防二人挺身而出……
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太阳岛事件后,王令和伙伴们重新回归了自己向往的和平日常。华修国的传奇剑圣为寻找衣钵继承人,隐姓埋名进入六十门担任体术指导。然而,他的师弟,人送外号邪剑神的天字号恶人陈南玄却对师兄积怨已久,邪剑神的一众徒弟也因各种原因与王令、孙蓉结下梁子,面对他们的挑衅,王令又会如何应对呢?