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故事发生在名为创圣学院的学校之中，这个学校被分为男校和女校两个学部，女学部的秉性的是严肃的传统名门院校的学风，而男学部则崇尚开化和革新。泉户裕理（日野聪 配音）就是在男学部就读的一名普通学生，与此同时，他的父亲是八衢神社宫的主人。 一天，正在进行装修的学校操场地下挖出了一处刻有奇异文字的遗迹，虽然校方认为这并不是什么…
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故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
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自从日本开发出只有女性才能操纵的飞行超兵器“IS”（Infinite Stratos）之后，世界发生了翻天覆地的变化，女性的地位被提 升到优先准位。 Infinite Stratos培育IS操纵者的学校“IS学院”每年接纳来自世界各地的优秀候补生少女。 然而，主人公织斑一夏虽然是个男生却不知因为什么原因能够启动IS，因此他被强制送入了IS学院就读。织斑一夏…